Après une première opération d’extension menée et livrée en 2003, la restructuration du palais de justice de Besançon, situé au cœur de la ville historique, s’est achevée au printemps 2005, après deux ans de travaux. Le palais, dont une partie des bâtiments est classée monument historique, date du XVI^ème siècle. La cour d’appel a regagné la partie historique du bâtiment rénové et restructuré.
Le tribunal de grande instance (TGI), le tribunal d’instance (TI) et le tribunal de commerce (TC) ont quant à eux pris place dans les bâtiments neufs construits en 2003 ainsi que dans l’ancienne école de l’Arsenal, complètement transformée et adaptée à sa nouvelle fonction. Outre les contraintes liées à la restructuration d’immeubles à forte valeur historique, la complexité de cette opération pour l’Agence et pour les juridictions a principalement résidé dans le phasage des travaux et dans la nécessité de maintenir à tout moment la continuité de l’activité judiciaire.
La mise aux normes de sécurité et de sûreté de l’ancien palais a été faite dans un souci constant de protéger et de mettre en valeur ce patrimoine bisontin.
Les différentes juridictions se sont installées successivement au cours du printemps 2005.